Po absolvování Konzervatoře v Praze, obor klavír, studovala, tentokrát již cembalo, na Akademii múzických umění ve třídě prof. Giedré Lukšaité-Mrázkové a formou konzultací u prof. Zuzany Růžičkové. Absolvovala roční stáž na Hermann-Zilcher-Konservatorium ve Würzburgu, v letech 1996-98 studovala na Dresdner Akademie für alte Musik u prof. Johna Tolla a od roku 2000 na Hochschule für Musik v Kolíně n. Rýnem ve třídě prof. K. Haugsanda. V roce 2002 pobývala tři měsíce na Královské konzervatoři v Den Haagu, kde studovala ve třídě J. Ogga. V roce 2006 uzavřela svá studia koncertním diplomem v mistrovské třídě prof. Christine Schornsheim na Hochschule für Musik v Mnichově.

V roce 1999 získala na mezinárodní soutěži Pražského jara 3. cenu, titul laureáta a Cenu Nadace Bohuslava Martinů za nejlepší provedení Koncertu pro cembalo a malý orchestr, který rovněž nahrála na CD. V roce 2001 se stala finalistkou mezinárodní cembalové soutěže „Oberösterreichischer-Solistenwettbewerb“, na základě které byla pozvána na prestižní cembalové kurzy konané v rámci Schleswig-Holstein Musik Festivalu pod vedením T. Koopmana a T. Mathot. V roce 2002 se stala držitelkou prestižní Davidoff Prix Česká republika určené nejvýraznějšímu mladému umělci s předpoklady k úspěšné mezinárodní kariéře, v roce 2003 obdržela 3. cenu a titul laureáta na "16. grosser Förderpreiswettbewerb" v Mnichově v oboru historicky poučená interpretace staré hudby (společně s flétnistkou Janou Semerádovou). V tomtéž roce přidala ještě Cenu Společnosti Bohuslava Martinů na Mladém podiu v Karlových Varech.

Repertoár Moniky Knoblochové je velmi rozmanitý, sahá od autentické interpretace staré hudby přes moderní klasiku až k soudobé hudební tvorbě. Premiérovala řadu soudobých skladeb, z nichž mnohé nahrála pro Český rozhlas. Jako editor připravovala vydání některých z nich. V roce 1999 poprvé vystoupila na Mezinárodním hudebním festivalu Pražské jaro a jako sólistka se zaskvěla v díle H. Krásy Komorní hudba pro cembalo a 7 nástrojů.

Monika Knoblochová vystupuje jak sólově, tak v rámci rozmanitých komorních formací či jako sólistka s orchestrem. Spoluzakládala soubor Resonance specializovaný na hudbu 20. a 21. Století, spolu s Janou Semerádovou tvoří Duo Seraphim a je členkou souboru Collegium Marianum.

V roce 2005 vydala u firmy Supraphon nahrávku s kompletním cembalovým dílem B.Martinů a Koncertem pro cembalo a malý soubor M. de Fally, roku 2006 nahrála spolu s violoncellistou Petrem Nouzovským Sonáty pro violu da gamba a cembalo J. S. Bacha, které vyšly u firmy Cube Bohemia. V roce 2007 vystoupila se sólovým recitálem na mezinárodním hudebním festivalu Pražské jaro, Invence J. S. Bacha a J. Nováka, které zazněly, nahrála opět pro firmu Cuba Bohemia

Od roku 2006 vede Monika Knoblochová cembalovou třídu na Letní škole staré hudby v Rajnochovicích, později v Kelči a od roku 2007 také na Akademii staré hudby při Masarykově univerzitě v Brně.